Doctor Who 3x01 "Smith and Jones"
Martha Jones jest jedną ze studentek medycyny odbywających staż w The Royal Hope Hospital. Któregoś dnia jednym z jej pacjentów staje się John Smith, który jednak zdaje się nie być takim zwykłym osobnikiem. Martha nie może jednak wiedzieć, że ten dziwny ktoś to Doctor, który aby zinfiltrować podejrzany szpital zgłasza się na oddział jako zwykły pacjent. Niespodziewanie on i wszyscy pacjenci szpitala stają się zakładnikami galaktycznej policji - Judoon. Kogo ścigają i dlaczego budynek szpitala nagle znalazł się na Księżycu?

Doctor Who 3x02 "The Shakespeare Code"
W pierwszą podróż Marthy, Doctor zabiera ją do Elżbietańskiego Londynu, a dokładnie do roku 1599. Wkrótce po ich przybyciu w dziwnych okolicznościach umierają dwie osoby. Doctor i Martha odkrywają, że świat stoi przed zagrożeniem ze strony złych Carrionites oraz, że najsławniejszy dramaturg w historii William Shakespeare znajduje się pod kontrolą złowrogich istot przypominających czarownice. Jeżeli nie uda ich się powstrzymać świat skończy się w 1599r. Okazuję się jednak, że słowa mają moc !

Doctor Who 3x03 "Gridlock"
Rok 5,000,000,053, Nowa Ziemia. Wszystko wydaje się być w porządku lecz coś niepokoi ludzi znajdujących się na autostradzie. Doctor zabiera Marthę w przyszłość chcąc pokazać jej Nowy Nowy Jork jednak tuz po wyjściu z TARDISa oboje zauważają, że dzieje się coś złego. Zaraz po tym Martha zostaje porwana przez dwoje młodych ludzi, którzy udają się na autostradę. Doctor rusza jej na ratunek i odkrywa prawdziwe przyczyny ogromnego korku, a w dodatku znajduje dziwne stworzenia atakujące ludzi. Właśnie wtedy po raz trzeci spotyka umierającą już Twarz z Boe, która wyjawia mu wielki sekret.

Doctor Who 3x04 "Daleks in Manhattan"
Jest rok 1930, Nowy Jork. Kiedy Manhattan znajduje się pod działaniem Wielkiego Kryzysu, ludzie zaczynają znikać z ulic. Zdziczali Ludzie ¦winie ukrywają się pod powierzchnią miasta w kanalizacji, jednak są tylko pionkami w grze.Na samym szczycie Empire State Building starzy wrogowie Doctora Dalekowie są zajęci przygotowywaniem ich jak dotąd najbardziej zuchwałego planu do wprowadzenia w życie. Doctor i Martha muszą połączyć siły z okolicznymi lud¼mi, aby udaremnić zamiary Daleków i uchronić miasto przed całkowitym zniszczeniem.

Doctor Who 3x05 " Evolution of the Daleks"
Nowo - stworzony ludzki Dalek oraz trzej inni członkowie Kultu Skaro, rozpoczynają atak na mieszkańców Hooverville, używając do tego także swoich niewolników ¦wiń. Doctorowi, Marcie i Frankowi udaje się uciec lecz wkrótce odkrywają, że w niecne plany Daleków uwikłany jest Empire State Bulding. Muszą jak najszybciej dowiedzieć się w jakim celu dokładnie Dalekowie włączyli się w tę budowę, aby zapobiec najgorszemu.

Doctor Who 3x06 "The Lazarus Experiment"
Współczesny Londyn. Martha wraca do swojej rodziny dzień po tym jak ich opuściła. Siostra Marty Tish pracuje dla profesora Lazarusa, który twierdzi,że "... zmieni to co oznacza bycie człowiekiem...". Doctor, który właśnie odwiózł Marthę do domu, słysząc te słowa wraca, aby dowiedzieć się co ów profesor ma na myśli. Rodzina Marthy wraz z Doctorem są gośćmi uroczystej prezentacji wynalazku podczas, której Lazarus używa maszyny i zmienia się z człowieka w podeszłym wieku na młodzieńca.

Doctor Who 3x07 "42"
Doctor oraz Martha przybywają na pokład statku Pentallian, który wkrótce ma ulec kolizji ze Słońcem. Do katastrofy pozostały 42 minuty. Dwóch członków załogi przepada gdzieś w dziwnych okolicznościach, a gdy się odnajdują okazuje się, że coś zaatakowało ich organizmy i zawładnęło ciałami chcąc zabić resztę załogi. Martha uciekając przed jednym z nich trafia do kapsuły ratunkowej i zostaje wystrzelona w kierunku Słońca. Doctor ma tylko kilka minut, aby ocalić ją i resztę załogi ... Czy kapitan McDonnell była całkiem szczera z Doctorem?

Doctor Who 3x08 "Human Nature"
Jest rok 1913, Anglia. Zwyczajny nauczyciel John Smith śni o przygodach w czasie i przestrzeni i tajemniczej niebieskiej budce. Wszystko co widzi w snach opisuje w swoim dzienniku, który jest dla niego zbiorem fantastycznych opowiadań. Jednak kiedy światła na niebie zwiastują przybycie czegoś dziwnego i strasznego pokojówka Smitha o imieniu Martha próbuje przekonać go, że tylko on może ocalić świat przed niebezpieczeństwem jakie się zbliża. Obcy nie dają za wygraną i za wszelką cenę chcą dopaść Pana Czasu, który teraz nie jest całkiem sobą.

Doctor Who 3x09 "The Family of Blood"
Podczas gdy Doctor nadal jest człowiekiem tylko Martha może jakoś zaradzić zaistniałej sytuacji. Niestety zegarek, w którym skrył się Pan Czasu zaginął, a czasu jest coraz mniej. Rodzina stosuje coraz to nowe i bardziej drastyczne metody, są gotowi zrobić wszystko, aby osiągnąć swój cel i posiąść Pana Czasu. John Smith nie może uwierzyć, że to wszytko dzieje się z jego winy. Nie chce opuszczać ukochanej, którą dopiero odnalazł i z którą miał zamiar spędzić resztę życia. Czy Marcie uda się go przekonać, że świat potrzebuje Doctora?

Doctor Who 3x10 "Blink"
W starym, opuszczonym domu na Wester Drumlins stoją figury przedstawiające Płaczące Anioły, które zdają się tylko czekać, aż ktoś je odwiedzi. Kiedy ludzie tam się udający zaczynają znikać w dziwnych okolicznościach, młoda kobieta - Sally Sparrow będąc tam znajduje na ścianie ukrytą wiadomość. Ku jej ogromnemu zdziwieniu pochodzi ona z 1969 roku i jest skierowana właśnie do niej przez tajemniczego nieznajomego nazywającego siebie Doctorem. Czy uda jej się rozwiązać tę zagadkę zanim Anioły posiądą swój łup?

Doctor Who 3x11 "Utopia"
Po tym jak Kapitan Jack Harkness został przywrócony przez Bad Wolf do życia Rose i Doctor zostawili go w dalekiej przyszłości. Teraz Jack po raz kolejny wkracza w życie Doctora powodując tym samym lot TARDISa do roku 100 trylionów na koniec wszechświata i człowieczeństwa. Doctor, Marta i Kapitan Jack spotykają tam drapieżną Rasę Przyszłych oraz nieznajomego znanego tylko jako Profesor Yana, który dowodzi projektem Utopia. Ten starszy człowiek posiada nie tylko ogromną wiedzę, ale także zegarek identyczny jak ten Doctora. Czy możliwe jest, że Doctor nie jest ostatnim Panem Czasu jak zawsze twierdził?

Doctor Who 3x12 "The Sound of Drums"
Londyn, rok 2008. Harry Saxon zostaje wybrany na premiera Wlk. Brytanii, a wraz z tym rozpoczynają się rządy terroru. Jest to dopiero początek jego ambitnych planów, wszakże zapowiada on rodzajowi ludzkiemu pierwsze spotkanie z obcą rasą - Toclafane. Jego zuchwały plan łączący cały czas i przestrzeń zaczyna się zamykać wokół Ziemi. Jedynie Doctor, Martha i Jack wiedzą, że Saxon w rzeczywistości jest rządnym wojny Masterem. Mimo to, ciężko im podjąć jakiekolwiek kroki, gdyż Saxon ma ogromną władzę i potrafi ją skutecznie wykorzystać przeciwko nim. Najgorsze ma jednak dopiero nadejść, gdy okazuje się, że Toclafane wcale nie mają przyjaznych zamiarów.

Doctor Who 3x13 "The Last of the Time Lords"
Minął rok od tragicznych wydarzeń na Valliancie. Ziemia została całkowicie podbita przez Mastera i jego morderczych podwładnych Toclafane, a ludzie zostali zniewoleni żyjąc w ciągłym strachu o własne życie. Master przetrzymuje sędziwego Doctora jako wię¼nia i przygotowuje okręty wojenne, które wkrótce mają zostać użyte do wojny z wszechświatem. Chce tym samym aby Imperium Panów Czasu powstało na nowo podnosząc się z popiołów nie zważając ile ofiar to pochłonie. Tymczasem do Anglii powraca Martha Jones, która dokładnie rok temu wyruszyła w podróż dookoła świata szukając sposobu na pokonanie Mastera. Co takiego nakazał jej Doctor? Czy uda jej się ocalić świat?